Am ehemaligen Standort der Harburger Synagoge erinnert heute nur noch ein Nachbau des Eingangsportals (siehe unten). Sie war 75 Jahre lang der zentrale Ort des jüdischen Gemeindelebens.

Die Bauweise, angelehnt an die zeitgenössische deutsche Architektur des 19. Jahrhunderts, zeugt vom Wohlstand und wiedererlangten Selbstbewusstsein jüdischer Bürger der Deutschen Nation und ihrer Religion. Der 1863 eingeweihte Neubau ist zwar das erste eigens für diesen religiösen Zweck geplante Gebäude, aber bereits Harburgs zweite Synagoge. Das erste seit 1773 genutzte Haus am Karnapp war zuvor baufällig geworden und für die wachsende Gemeinde zu klein. Von 1833 bis 1864 wuchs die jüdische Einwohnerzahl von 37 auf 175 Personen.

Die Synagoge verfügt über zwei Eingänge, Männer und Frauen nehmen in getrennten Bereichen am G‘ttesdienst teil. Die Männer beten im Erdgeschoss, die Frauen auf den an den Längsseiten über der Bethalle eingerichteten Emporen im Obergeschoss. Sie folgen dem Kantor bzw. Vorbeter in den Gebeten und im Lesen der auf einem erhöhten Pult ausgerollten Thora. Beim Lesen der Schrift schaut der Vorleser zum geöffneten Aron-Hakodesch, dem Richtung Osten ausgerichteten Thora-Schrein und Aufbewahrungsort der Thorarollen. 

An der Synagoge entlädt sich die antisemitische Hetze, den Höhepunkt bildet der 10. November 1938. Verbände der SA plündern und verwüsten das Haus, zerschlagen die Fenster, jüdische Kultgegenstände werden auf den Harburger Marktplatz „Sand“ geschleppt und dort verbrannt.